1956 yılında İstanbul Fâtih’te doğdu.1986 yılında TRT Müzik Dâiresi’nin açtığı uzmanlık sınavını kazanarak, bu kurumda çalışmaya başladı. TRT Müzik Dâiresi uzmanlık görevi süresince; TRT Türk Sanat Müziği ve Türk Halk Müziği çocuk ve gençlik korolarının kurulması, TRT 1. Amatör Ses Yarışması’nın düzenlenmesi, Türk Sanat Müziği 1. Beste Yarışması’nın düzenlenmesi, Kültür Bakanlığı Devlet Koroları’nın kuruluş projelerinin hazırlanması gibi pek çok projede görev aldı. 1989 yılında TRT Müzik Dâiresi’ndeki uzmanlık görevinden ayrılarak, Gazi Üniversitesi Gazi Eğitim Fakültesi Müzik Eğitimi Bölümü’ne Öğretim Görevlisi olarak atandı. Bu bölümde, uzun yıllar Türk Müziği Nazariyatı ve Uygulaması dersini ve ûd derslerini yürüttü.

1995 yılında görevlendirme ile gittiği Kazakistan’da, Ahmet Yese-vî Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi’nde  Sağlık, Kültür ve Spor Dâiresi Başkanlığı’nı iki yıl sürdürdü. Görevi süresince üniversitenin, kültür merkezi, öğrenci yurtları ve yemekhâne projelerinin gerçekleşmesinde dönemin yöneticileri ile birlikte büyük emeği geçmiştir. Türk Dünyâsı müziklerinin kök birliği araştırmalarının yanısıra, Milletler Topluluğu’nun pek çok ülkesinden gelen öğrencilerinden oluşturduğu koro ile “Adriyatik’ten Çin Seddi”ne Türk Dünyâsı Müzikleri Konseri’ni gerçekleştirdi. Orta Asya’da bulunduğu yıllarda Kazakça, Kırgızca, Özbekçe, Türkmence gibi pek çok Türk Lehçesi’ni anlamakta ve konuşabilmekte olan Şenduran, görev aldığı pek çok toplulukla radyo ve televizyon programlarının yanı sıra, yurtiçi ve yurt dışında sayısız konserler gerçekleştirdi. Acem Aşîran, Bayâtî Araban, Zâvil Aşîran, Hüzzam Mevlevî Âyinleri’nin ve Cinuçen Tanrıkorur’un 63 makamda bestelediği Kâr-ı Nev’edâ adlı eserinin Ankara ve İstanbul’da ilk icrâlarını ezberden okutarak, bu alanda hiçbir topluluğa nasîp olmamış ilkleri gerçekleştirmiştir. 

Muzaffer Şenduran, hâlen Gazi Üniversitesi Türk Müziği Topluluğu’nu çalıştırmaktadır. Elmira Şenduran ile evli olup, Ayşe Müjgan, Fatma Münevver, Meyircan ve Gülbûse isminde 4 çocuk babasıdır.